Bij het onderzoek van een aanvraag voor vergunning van een plan of een programma voor een activiteit wordt getoetst of deze geen negatieve gevolgen zal hebben voor de ‘watersystemen’, met inbegrip van de natuurlijke waarden gebonden aan het water. Beperkende compensatiemaatregelen worden eventueel bepaald (bv. voor infiltratie of accumulatie van het water).
De kaart van de kwetsbare gebieden voor de watertoets bedekt 68.000 ha.